张爱兵

作者: | 来源: | 发布日期:2015-01-12 | 阅读次数:

    个人简介

   张爱兵, 博士,教授,博士生导师,国家杰出青年基金获得者;分子生态学,学科带头人,生态学教研室主任。日本进化学会会员(2006-2007);国际期刊 Molecular Ecology((SCI IF 6.4575Y  IF 6.633;ranking 5/34 (Evolutionary Biology), 6/114 (Ecology))) 分子谱系地理学、DNA分子分类方向评审专家(2009-)。同时给著名国际期刊Ecology Letters (SCI IF  15.253 5Y 14.261)担任审稿( 2009-);ISI Journal Citation Reports, Ranking:2008:4/124 Ecology.

 

招生专业:动物学(昆虫学)、分子生态学

【非常欢迎 有分子生物学、进化生物学、昆虫学尤其是 鳞翅目昆虫学、计算机或数学背景的博士申请课题组的博士后合作研究!常年招收】

 

研究方向

1. 动物遗传多样性
2. DNA分子分类学原理与应用
3. 分子生态学(分子谱系地理学)
4. 比较基因组学
5. 进化与系统发育重建

6. 害虫分子识别

 

学术经历

2009,02-       ,首都师范大学生命科学学院,教授,分子生态学,学科带头人,生态学教研室主任(2010-)。
2007,01-2009,01, 瑞典皇家工学院(生物技术研究所),博士后,主要研究方向分子系统地理学;开发了应用于DNA分子分类的软件BPSI2.0(Zhang & Savolainen 2008)。
2006,10-2006,12, 中科院动物研究所, 动物进化与系统生物学研究中心(现动物进化与系统学重点实验室),助研,从事DNA分子分类学研究。
2003,11-2006,10,日本京都大学,博士后, 主要研究方向是东亚地区(韩国,日本,中国)昆虫分子系统学,分子系统地理学.开发分子谱系地理学进化事件推理软件AutoInfer1.0(Zhang et al.2006)。
2003,08-2003,10,中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所,研究助手,从事森林昆虫种群遗传学及地理分布研究。
1999,09-2003,07,中科院动物研究所农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室,分子生态学博士研究生,主要研究内容是长江流域及其以南地区松毛虫不同地理种群空间遗传结构,基因流及松毛虫近缘种系统发育的分子系统学重建。

 

研究领域及研究成果:

1. DNA 分子分类学

    在国际上首次把人工智能的思想引入到DNA分子分类学领域,提出了基于BP人工神经网络的物种鉴定新方法,研究成果被国际同行(审稿人)评价为非常重要的(very significant),为当前DNA物种鉴定提供了一个即时的,创新性的解决方案a timely and innovative solution)。研究成果发表在国际系统生物学核心期刊(Top3)Systematic Biology 上(2008,4月刊)(SCI, 2005 Impact Factor: 10.327SCI IF 8.48; 5Y IF 10.78)。通过计算机模拟及实例研究首次在DNA分子分类领域提出基于物种的取样策略,指出DNA分子分类研究中人们通常所期望的普适的取样阈值并不存在,首次提出“单倍型发现曲线”(HDC)的概念,并给出了几种关键取样量的计算方法,该项研究被四个国际同行(审稿人)中的三个给与了高度评价,一个同行在肯定这项工作的同时,给出了一些批评意见。给项研究已被Molecular Phylogenetic and EvolutionSCI IF 3.56; 5Y IF 4.04)正式接受( 2009-09-10)。

2. 分子生态学分子系统学、分子谱系地理学

    运用多基因分子标记的系统发育重建方法,同时运用线粒体和核基因分子标记对朝鲜半岛的Coptolabrus亚属的近缘种的大步甲进行了系统地理学研究,对不同地质历史时期物种迁移扩散,隔离,局部的基因交流进行了基于分子数据的演化推导,探讨了核基因在分子系统地理学推导的作用及局限性;同时,对同域分布于朝鲜半岛的Leptocarabus亚属的近缘种进行了比较系统地理学研究;对分布于日本列岛及朝鲜半岛的Leptocarabus亚属进行了基于多个核基因的分子系统学重构。运用线粒体DNA基因组测序的方法首次将狗的世界起源定位于中国长江以南地区,该项研究成果(共同第一作者)最近(2009-09-01)被 Molecular Biology and Evolution ( SCIIF 9.87; 5Y IF 8.22 在线发表(doi:10.1093/molbev/msp195)。

    相关及其他研究成果,发表于生态、进化、分子系统学的核心国际期刊Molecular Biology and Evolution ( SCI IF 9.87; 5Y IF8.22),Molecular Ecology(2005, 2006 Impact Factor: 4.301, 4.825; 5.169),Molecular Phylogenetic and Evolution (SCI IF 3.56; 5Y IF 4.04),Zoological Science (SCI, 2006 Impact Factor: 1.240), Molecular Ecology Notes (2006 Impact Factor:1.220)等。

    (备注:已发表论文29篇(SCI收录15篇),其中2005年至今共发表SCI论文13篇, 以主要作者发表SCI期刊论文累计影响因子为53.29(2005年至今,其中第一作者37.82).单篇论文影响因子>8的1篇(5Y IF 8.22),>10的1篇(5Y IF 10.78).


在研项目:

1. 首都师范大学人才引进项目【2009-2010】;

2. “北京及周边地区鳞翅目森林害虫DNA条码监控识别技术” 【北京市自然基金重点项目:2010-2012,项目号:KZ201010028028,主持人】;

3. “DNA分子分类中的统计推断及实验验证”【博士启动基金】;

4. 北京市属高等学校人才强教深化计划-211学术创新团队建设计划项目【2010-项目负责人】.

5. 基于DNA序列信息和人工智能识别的昆虫物种识别研究 国家自然科学基金面上项目1项【2011-13项目负责人】.

6. 北京市留学人员择优资助项目1项【2011-项目负责人】.

7. 北京市人才强教“创新团队1项【2011-13项目负责人】.


主持过(主持人):

(1) IFS瑞典国际基金1项(Project: Spatial genetic structure and gene flow of masson pine moth, Dendrolimus punctatus(Walker) in southern China,2001-2002 项目编号:IFS D/3204-1;
(2) 国家重点实验室开放课题1项(中国科学院创新项目,项目名称:中国南部地区松毛虫种群暴发的遗传基础研究, 项目编号:KSCX2-SW-103: 2001-C-03);
(3) 日本文部科学省及日本学术振兴会科研基金一项(Project: Molecular phylogeny, genetic differentiation and phylogeography of some insect groups (ground beetles) in East Asia inferred from mitochondrial and multiple nuclear genes. 项目编号:No. 15003315,2003-2005);
(4) Wenner Gren Foundation (2007-2009); Project: “Early history of the domestic dog: a study of phylogegraphy and phylogeneaology”.(2007~2009,KTH, Sweden);

 

参加过:

(1) 国家自然科学基金重大项目(39893360)和国家重点基础研究发展规划项目(G2000016210)及国家“九五”科技攻关项目的研究。

 

List of publications

Peer Reviewed Publications:

(Publications in international journals) (Note: Impact Factors (IF) were obtained from the webpages of those journals).

1.    He, L, A. B. Zhang, C. Zhu, D. Weese, Z. Qiao. (2011). Phylogeography of the mud crab (Scylla serrata) in the Indo-West Pacific reappraised from mitochondrial molecular and oceanographic clues: transoceanic dispersal and coastal sequential colonization. Marine Ecology, 32:1-13.(SCI IF 1.56).(2011年发表,检索时还未收录)。

2.    Luo, A.R, A. B. Zhang , S. Y. W. Ho , W. Xu , Y. Zhang , W. Shi , Stephen L Cameronand C.- D. Zhu. (2011). Potential efficacy of mitochondrial genes for animal DNA barcoding: a case study using eutherian mammals. BMC Genomics, 12:84. (SCI IF 3.76; 5Y IF 4.18).(2011年发表,检索时还未收录)。
3.     Zhang, A. B*, L. J. He , R. H Crozier, C. Muster, C.- D. Zhu*.(2010). Estimating sample sizes for DNA Barcoding. Molecular Phylogenetics and Evolution, 54(3):1035-1039. (SCI IF 3.56; 5Y IF 4.04).
4.     Luo, A , H. Qiao , Y. Zhang , W. Shi , S. Y.W. Ho , W. Xu , A. B. Zhang* and C.D. Zhu* . (2010). Performance of criteria for selecting evolutionary models in phylogenetics: a comprehensive study based on simulated datasets. BMC Evolutionary Biology,10:242.(IF 4.29; 5Y IF 4.56).

5.    Feng,J. , Y.Hu, P. Wan, A. B. Zhang, W.Zhao. (2010). New method for comparing DNA primary sequences based on a discrimination measure. Journal of Theoretical Biology. 266(4):703-707.(SCI IF 2.57).

6.    He, L., A. B. Zhang, D.A. Weese, Z. Chaodong, J. Chaojun, Z. Qiao. (2010). Late Pleistocene population expansion of Scylla paramamosain along the coast of China: a population dynamic response to the Last Interglacial sea level highstand. Journal of Experimental Marine Biology. 385(1-2) : 20-28.(IF 2.12; 5Y 2.44).

7.     Jun-Feng Pang1,2 #, Cornelya Kluetsch3 #, Xiao-Ju Zou#Ai-bing Zhang3 #(共同第一作者), Li-Yang Luo1,4, Helen Angleby3, Arman Ardalan3,5,6, Camilla Ekstr?m3, Anna Sk?llermo3, Joakim Lundeberg3, Shuichi Matsumura7,8, Thomas Leitner9, Ya-Ping Zhang1,2 *, Peter Savolainen3 *. (2009). mtDNA Data Indicates a Single Origin for Dogs South of Yangtze River, less than 16,300 Years Ago, from Numerous Wolves. Molecular Biology and Evolution, 26(12):2849-2864.(SCI IF 9.87; 5Y IF 8.22).

8.     Zhang, A. B*., D. S. Sikes, C. Muster, S. Q. Li*(2008). Inferring Species Membership using DNA sequences with Back-propagation Neural Networks. Systematic Biology57(2):202-215. (SCI IF 8.48; 5Y IF 10.78; ranking 3/34 (Evolutionary Biology)).

9.     Zhang, A. B*and P. Savolainen (2008). BPSI2.0: A C/C++ Interface Program for Species Identification via DNA Barcoding with a BP-Neural Network by calling the Matlab engine.Molecular Ecology Resources. 9(1):104-106 (SCI IF 1.25).

10.     Zhang, A. B., and T. Sota. (2007). Nuclear gene sequences resolve species phylogeny and mitochondrial introgression in Leptocarabus beetles showing trans-species polymorphisms.Molecular Phylogenetic and Evolution, 45: 534-546. (SCI IF 3.56; 5Y IF 4.04).

11.     ZhangA. B., S. J. Tan, and T.Sota (2006). AutoInfer1.0: a computer program to infer biogeographical events automatically. Molecular Ecology Notes 6(3): 597-599. (SCI IF1.25).

12.    ZhangA. B., K. Kubota, Y . Takami,J.L. Kim, J. K. Kim, and T. Sota. (2006).Comparative phylogeography of three Leptocarabus ground beetle species in South Korea, based on the mitochondrial COI and nuclear 28S rRNA genes. Zoological Science, 23:745-754. (SCI IF 1.24).

13.    ZhangA. B., K. Kubota, Y . Takami,J.L. Kim, J. K. Kim, and T. Sota. (2005). Species status and Phylogeography of two closely related Coptolabrus species (Coleoptera: Carabidae) in South Korea inferred from mitochondrial and nuclear genes. Molecular Ecology, 14 (12), 3823-3841. (SCI IF 5.965Y IF 6.37;ranking 5/34 (Evolutionary Biology), 6/114 (Ecology)).

14.    Zhang, A. B., Wang, Z. J., Tan, S.J. and Li, D.M. (2003). Monitoring the masson pine moth, Dendrolimus punctatus (Walker)(Lepidoptera: Lasiocampidae with synthetic sex pheromone-baited traps in Qianshan County, China. Appl. Entomol. Zool. 38: 177–186(SCI IF 0.45 0.77

15.    Tan, S. J., Chen, X. F. and Zhang, A.B. (2001). Isolation and characterization of DNA microsatellite from cotton bollworm (Helicoverpa armigera, Hubner. Molecular Ecology Notes, 1:243-244 (SCI IF 1.25).(Publications In Chinese with English abstract).

16.    ZhangA. B., Kong, X.B, Li, D. M. (2004): DNA fingerprinting evidence for the phylogenetic relationship of eight species and subspecies of Dendrolimus (Lepidoptera: Lasiocampidae) in China. Acta Entomologica Sinica, 47 (2): 236-242.
17.    Zhang, A. B., Zhang, Z., Wang, H. B., Kong, X. B. (2004). Geographical distribution ofLasiocampidae in China and its relationship with environmental factors. Journal of BeijingForestry University. 26(4): 54-60 (SCI, (EI)).
18.     Zhang, A. B., Li, D. M., Chen, J. (2004). Geohistories of Dendrolimus punctatus Walkerand its host plant pine genus in China. Chinese Bulletin of Entomology. 2: 146-150.
19.    Wang, Z. J., Zhang, A. B., Li, D. M. (2003). Applied approaches and progress in the use of remote sensing techniques in insect ecology. Entomological Knowledge, 40(2): 97-100.
20.    Wang, Z. J., Liu, Z. B., Zhang, A. B. Li, D. M. (2003). Ethogram and labor division in the carpenter ant Componotus tonkinus. Acta Entomologica Sinica, 46(2): 196-200.
21.    Zhang, A. B., Tan, S. J., Chen, J. & Li, D. M. (2002). Spatial Molecular Ecology: A new cross-discipline between Molecular Ecology and Spatial Ecology. Acta Ecologica Sinica22: 752-769.
22.    Zhang, A. B., Tan, S. J, Wang, Z. J. and Li, D. M. (2002). The important concept of Molecular Ecology - genetic distance and its measuring. Acta Ecologica Sinica, 22: 943-949.
23.    Zhang, A. B., Wang, Z. J & Li, D. M. (2002): Application of BP model and LOGIT model to prediction of forest insect pest occurrence. Acta Ecologica Sinica, 21: 2159-2165.
24.    Zhang, A. B., Tan, S.J., Gao, W., Li, D.M. (2001). Primary report on monitoringDendrilimus punctatus (Walk)(Lepidoptera:Lasiocamidae) with synthetic sex pheromone inQianshan County, Anhui province, in China. Entomological Knowledge, 38(3): 223-226.
25.    Zhang, A. B., Li, D. M.& Chen, J. (2001): Influence of foods on the growth and development of Misuemenops tricuspidatus. Acta Arachnologica Sinica, 10 (1): 26-29.
26.    Zhang, A. B., Su, J. L., Zhang, J. X., Chen, J. (1999). Influence of foods on the growth and development of Misuemenops tricuspidatus: II. On nutritious index of M. tricuspidatus.Acta Arachnologica Sinica, 8(2): 76-79.
27.   Chen, J., Zhang, A. B., Xing, S. Y., Su, J. L. (1999). Influence of foods on the growth and development of Misuemenops tricuspidatus: I. On duration and dry body weight of M. tricuspidatus. Acta Arachnologica Sinica, 8(1): 34-37.
28.    Lui, Z. C., Zhang, A. B., Chen, W. H. (1999). Effect of Temperature on the experimental population increase of Pardosa Astrigena (Arachnia, Araneae). Acta Arachnologica Sinica, 8(1): 41-43.
29.    Zhang, A. B., Chen, J. (1998). A kind of ant-like spider - ant spider. Bulletin of Biology.33(9): 12-13.


Publicly available computer programs:

1.     ZhangA. B., Tan, S. J. and Sota, T. (2006). AutoInfer1.0: a computer program to infer biogeographical events automatically. Molecular Ecology Notes 6(3): 597-599. Autoinfer is written in C++. 
2.     Zhang. A. B. and P. Savolainen (2008). BPSI2.0: A C/C++ Interface Program for Species Identification via DNA Barcoding with a BP-Neural Network by calling the Matlab engine. Molecular Ecology Resources. (DOI: 10.1111/j.1755-0998.2008.02372.x;http://www3.interscience.wiley.com/journal/119881759/issue). BPSI2.0 is basically written in C++.

Download:

1.    AutoInfer1.02

http://life.cnu.edu.cn/soft/autoinfer1.02.rar

2.    BPSI2.0

3.    TDR1.0
 

 

首都师范大学生命科学学院

北京市西三环北路105号,100048

电话:010-68901860(office)

Email:zhangab2008[at]gmail.com

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